I Cell Escape hjälper du en fånge att fly från fängelset. På skärmen framför dig kommer du att se din karaktär stå ovanpå en struktur som består av block i olika storlekar. Du måste hjälpa hjälten att komma till jordens yta. Du kan göra detta genom att kontrollera allt noggrant. Klicka på blocken med musen för att ta bort dem från spelplanen och få poäng i Cell Escape. På så sätt kommer du gradvis att demontera hela strukturen, och din hjälte kommer att komma till det hemliga hålet och släppas.