I Pokemon Battle Labyrinth kommer du att guida din Pokemon genom en specialbyggd labyrint där den kan finslipa sina stridsfärdigheter. Under din ledning kommer Pokémonen att röra sig genom labyrinten, övervinna olika hinder och fällor och samla olika användbara föremål. Efter att ha mött motståndare måste du använda hjältens stridsfärdigheter för att förgöra honom i strid. Så fort fienden dör kommer du att få poäng i Pokemon Battle Labyrinth-spelet.