Knappar är en vanlig kontrollmetod i spel, och i Button Puzzle är de de viktigaste. På varje nivå kommer deras uppsättning att ändras längst ner på skärmen och det är minimalt nödvändigt. Genom att klicka kommer du att flytta karaktären så att han samlar blå stenar, och efter det kommer en dörr att dyka upp för att lämna nivån.