Specialstyrkans soldater anses vara de mest förberedda för strid i stadsmiljöer, så de överges när mycket svåra uppgifter måste slutföras. Din hjälte i Modern Combat FPS är intresserad av att slutföra uppdrag personligen, för genom att göra det kommer han att rädda sina släktingar som hamnade i de ockuperade områdena.