I Kogama Wipeout deltar du i kampen om flaggan i Kogamas värld. Deltagarna i spelet är indelade i två lag. Var och en av dem hamnar i sitt eget startområde. Din uppgift är att gå genom labyrinten till fiendens sida, hitta flaggan där och fånga den. Då vinner du spelet. På vägen måste du samla olika användbara föremål och leta efter vapen. När allt kommer omkring, när du möter karaktärer från ett annat lag, måste du gå i strid med honom och vinna. För detta kommer du att få poäng och eventuellt ytterligare bonusar.