Ett bubbelmoln har dykt upp över Mario -världen. Ingen uppmärksammade henne, men förgäves. Hon blev plötsligt större, sjönk till marken och fångade alla invånare i världen. Bara Mario lyckades undkomma fångsten. Hjälp honom i Super Mario Bubble Shoot för att befria alla invånare och även de som är fientliga mot honom.